É realmente uma expressão idiomática que significa «ter uma preocupação/reacção exagerada». Quer «tempestade» quer «copo de água» são tomados metaforicamente. A tempestade corresponde a uma perturbação atmosférica que ocorre nas regiões marítimas e costeiras com chuvas, trovoadas, ciclones etc. —  remete para realidades de grandes dimensões que podem pôr a vida humana em perigo. O copo de água apenas pode conter uma pequena quantidade de água ou de outro líquido — alude às coisas triviais.

«Fazer uma tempestade num copo de água» é um dito popular muito gracioso porque contém uma figura de pensamento denominada antítese, que aproxima ideias contrárias para as realçar. Nesta frase, figurativamente, um grande e intenso fenómeno meteorológico ocorre num pequeno recipiente de água, apresentando, portanto, um contraste muito evidente. Como se trata de uma impossibilidade física, mostra-se que há reacções ou preocupações que são desproporcionadas em relação à pouca relevância dos seus motivos.