Analisem-se as frases isoladamente: 

(1) «Tive a impressão que o peixe não cheirava bem».

Aqui, a opção pelo indicativo, ao invés do conjuntivo, está correta. Acontece que «ter a impressão», apesar de ser uma expressão que semanticamente se aproxima dos valores da suposição, funciona como equivalente a achar ou parecer:

(i) «Achei/pareceu-me que o peixe não cheirava bem».

Ora, verbos como achar ou parecer, quando ocorrem em frases afirmativas, selecionam o indicativo. Se, por outro lado, a frase for negativa, então aí o predicador associado ocorre no conjuntivo:

(ii) «Não achei/me pareceu que o peixe cheirasse bem».

A premissa de que, sempre que se está no campo da suposição, o verbo deve ocorrer no conjuntivo é, assim, incorreta. 

Veja-se agora o segundo caso: 

(2) «Que pena que havia areia na salada!»

Este exemplo é a correção feita pela professora, que substituiu o verbo no conjuntivo – houvesse – pelo pretérito imperfeito do indicativo – havia. Contudo, a frase escrita pelo aluno estava correta:

(3) «Que pena que houvesse areia na salada!»

Talvez a correção feita se prenda ao facto de, aqui, não estarmos perante uma suposição, mas sim uma realidade, i.e., existia, de facto, areia na salada. Contudo, após expressões de apreciação, como é o caso de «que pena» (ou «é melhor que...», «lamento que...», «irrita-me que...», por exemplo), o verbo ocorre no conjuntivo ou no infinitivo:

(4) «Que pena haver areia na salada.»

(5) «É melhor que comas tudo» – «É melhor comeres tudo.»

(6) «Lamento que estejas doente.» – «Lamento estares doente.».