Nas fontes consultadas para esta resposta, não foi possível achar informação clara sobre a etimologia do topónimo em questão¹.

Mesmo assim, sugere-se que Morçoas seja uma deturpação de "morouçoas", feminino plural de um eventual aumentativo de morouço. Assinale-se que por morouço se entende «monte de pedras ou de porcaria» (cf. Dicionário Infopédia da Língua  Portuguesa), noção que não será referencialmente implausível em Alhos Vedros, localidade marcada quer pela pesca quer mais tarde pela indústria: o topónimo pode, portanto, fazer alusão à acumulação dos detritos resultantes de tais atividades.

¹ Não consta do Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa (2003), de José Pedro Machado.